Stage en biologie - Caractérisation bioinformatique des erreurs d’assignation taxonomique du logiciel Kraken2

Dans le cadre de ses activités, l’équipe bioinformatique de DGA Maîtrise NRBC est amenée à analyser des échantillons dans lesquels les espèces recherchées (bactériennes et/ou virales) sont présentes en quantité très faible. De plus, ces séquences peuvent être cachées dans un « bruit de fond métagénomique », correspondant à d’autres espèces.

Le logiciel Kraken2 (https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0 (nouvel onglet)) permet une assignation taxonomique rapide des séquences issues d’un séquençage « short-reads » Illumina sur des bases de données modifiables selon le besoin.

Toutefois, cet outil présente un taux faible, mais non négligeable d’erreurs :

                - Assignation sur des espèces non vraisemblablement présentes (faux positifs)

                - Non-assignation à un taxon (non-classifiés)

Afin d’étudier et d’optimiser la précision et la limite de détection de cet outil, le (la) stagiaire réalisera un travail de caractérisation des erreurs d’assignation, et proposera des solutions techniques pour en diminuer le nombre. Le (la) stagiaire pourra ensuite effectuer un travail de comparaison des limites de détection entre Kraken2 et d’autres logiciels similaires (par exemple : Sylph, MetaPhlAn, Centrifuge ou Kaiju).

Le stagiaire étudiera des données contrôlées produites en interne, et éventuellement issues des bases de données publiques.

Profil recherché

Etudiant(e) en Master 1 en bio-informatique, ou en école d’ingénieur avec une formation équivalente.

Bon relationnel, curiosité, autonomie, connaissances en génomique bactérienne et/ou virale, compétences solides en Python et bases en Bash.

L’employeur

DGA Maîtrise NRBC apporte son expertise aux équipes de programme de la DGA, aux instances nationales et internationales, dans des domaines tels que l’évaluation des risques biologiques et chimiques, la conception et l’évaluation des performances des équipements de défense NRBC. Son action s’inscrit pleinement dans les traités d’interdiction des armes chimiques et biologiques ratifiés par la France.