Stage « Analyse génétique des performances des Trotteurs français en course de trot »

Le/la stagiaire sera affectée au sein de l’Unité Mixte de Recherche GenPhySE de l’INRAE. L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

• Missions du poste :

Le stage s’inscrit dans le projet GENi.

Le projet GENi est un projet collaboratif à l’initiative de la région Normandie alliant les expertises de l’institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) ; l’institut français du cheval et de l’équitation (IFCE) ; LABÉO, pôle d’analyses et de recherche interdépartemental de Normandie et le Campus équin normand de l'École nationale vétérinaire d'Alfort (EnvA). Ce projet a pour objectif de développer des outils innovants permettant d’évaluer, dès la naissance d’un poulain, ses aptitudes naturelles pour la course — un ensemble de capacités variées et complexes — ainsi que ses prédispositions aux principales pathologies affectant les performances (troubles respiratoires, myosites, affections vertébrales, sensibilité à la rhodococcose), dans un contexte où la filière équine doit répondre à des préoccupations légitimes concernant le bien-être et la santé des chevaux soumis à des exigences de performances élevées, ainsi qu’au manque de transparence de son marché.

Des évaluations génétiques et génomiques précoces, outils précieux qui permettent d’identifier avec précision les qualités et les faiblesses des chevaux dès leur naissance, seront développées pour les trois grands segments de la filière équine : les courses de galop, les courses de trot et la compétition équestre. Ces évaluations offrent un double bénéfice : elles fournissent des critères objectifs qui permettent aux amateurs extérieurs d’accéder à un marché plus sûr, et elles favorisent l’adéquation entre l’élevage, l’entraînement et l’environnement des chevaux en fonction de leurs forces et faiblesses, contribuant ainsi à préserver leur santé et à assurer leur bien-être. Actuellement, un indice unique existe pour les courses de trot et pour chaque discipline des compétitions équestres, ce qui ne permet pas de répondre pleinement à ces objectifs.

Le projet GENi vise à aller dans le détail de toutes ces aptitudes et de la génétique en intégrant la génomique en plus du pedigree, en utilisant la puce SNP 60k développée par des chercheurs de l’INRAE et l’IFCE. Les marqueurs génomiques identifiés seront mis en miroir avec le détail des résultats en course d’une part et avec les pathologies mentionnées ci-dessus d’autre part. Le résultat sera à terme des évaluations génomiques (et plus seulement génétiques, avec le seul pedigree) diversifiées selon l’âge, le mode de course, intégrant la longévité ou la régularité. 

Le sujet du stage portera sur l’analyse génétique des performances en course de trot. Le/la stagiaire sera chargé(e) de mener l’analyse des données de performance fournies par la Société d’Encouragement à l’élevage du Trotteur Français (SETF), de développer des modèles génétiques permettant d’estimer les paramètres génétiques (héritabilité, corrélations génétiques) des performances en courses de trot, en capturant la complexité et la diversité des carrières. À ce jour, le trot ne peut s’appuyer que sur un seul indice génétique : le BTR (Blup TRotteur), calculé annuellement à partir du rapport entre les gains accumulés et le nombre de départs. Cependant, cet indice présente des limites majeures. Parce qu’il est unique il n’intègre pas : l’évolution des performances avec l’âge (précocité ou maturité tardive), la répartition des gains selon les disciplines (monté ou attelé), la longévité sportive du cheval, les stratégies d’exploitation (choix des courses, gestion de la carrière). Il ne permet donc pas de refléter fidèlement les compétences innées de chaque individu et ne tient pas compte de la consanguinité, aspect crucial à intégrer dans les évaluations génétiques.

• Description des activités

• Activités principales : 

  - Manipulation de larges bases de données sur R, réalisation d’analyses statistiques et génétiques, estimation de paramètres génétiques (héritabilité, corrélations génétiques), à l’aide du logiciel ASRemL. 

  - Intégration des données de génomiques issues du génotypage des chevaux (puce SNP 60k).

• Activités secondaires :   

  - Formalisation de la présentation des évaluations pour les éleveurs. 

   

  - Présentation aux associations d’éleveur. 

Profil recherché

• Diplôme en préparation:

Master II ou diplôme d’ingénieur agronome. Formation recommandée : Génétique quantitative, Statistiques, Analyses de données multivariées 

• Qualités requises

Savoirs et savoirs-faire :

Savoir-être : Autonomie, bonne qualité de contact, rigueur

Savoirs-faire : Bonne connaissance des logiciels scientifiques (R), souplesse pour utiliser les logiciels variés dédiés à la génétique quantitative

Expérience appréciée : Connaissance du milieu du cheval

L’employeur

L'Institut Français du Cheval et de l'Équitation est un établissement public administratif sous double tutelle des deux Ministères suivants : le Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la souveraineté alimentaire et le Ministère des sports, de la jeunesse et de la vie associative. L'IFCE est au service des acteurs de la filière équine avec pour principales missions de : 

• Contribuer à la mise en œuvre des politiques de l'Etat en faveur de la filière équine : notamment la traçabilité zootechnique et sanitaire des équidés, l'appui économique à la filière et l'expertise réglementaire dans les domaines de l'élevage et des sports équestres.
• Etre l'institut technique de référence de la filière par des activités de recherche appliquée, de transmission des savoirs (diffusion et formation professionnelle) et de valorisation du patrimoine équestre français.
• L'IFCE accompagne le développement de la filière équine par la production et le transfert de données techniques et économiques auprès de ses acteurs. Ses chercheurs et ses ingénieurs de recherche et de développement jouent un rôle essentiel dans la création, la vulgarisation et la diffusion des connaissances au sein de la filière équine.