Ingénieur / Ingénieure de recherche scientifique (H/F)

Mission :

L'ingénieur-e recruté-e aura pour mission de caractériser l'évolution des micro-organismes du sol en réponse au changement climatique à partir de données métagénomiques. Il ou elle constituera un jeu de génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) issus d'expérimentations de changement global, en extraira les traits fonctionnels par des approches computationnelles, puis analysera ces traits afin d'estimer des caractéristiques évolutives telles que la vitesse et l'amplitude de l'évolution. Ce travail s'inscrit dans le projet ERC GAMEchange, dont l'objectif global est d'intégrer l'évolution microbienne dans les modèles de surface continentale.

Activités

Activités principales

• Rassembler et sélectionner, en autonomie, des génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) issus d'expérimentations de changement global déjà identifiées ; évaluer leur qualité et documenter les critères de sélection
• Mettre en place et exécuter les chaînes de traitement bio-informatiques permettant l'extraction des traits fonctionnels (annotation fonctionnelle, prédiction de traits liés au cycle du carbone)
• Analyser ces traits pour estimer des caractéristiques évolutives - vitesse et amplitude de l'évolution - en proposant et en discutant les approches statistiques les plus adaptées
• Constituer et structurer la base de données de traits et de taux éco-évolutifs issue de ces analyses, en veillant à sa réutilisabilité (documentation, versionnage, standards FAIR)

Rédiger les résultats sous forme de rapports scientifiques et contribuer, en tant que co-auteur-e, aux publications issues du projet

Activités secondaires

• Participer aux réunions du projet ERC GAMEchange et interagir avec le comité d'experts international associé
• Contribuer aux discussions conceptuelles du projet au-delà du seul volet bio-informatique (interprétation écologique, articulation avec la modélisation)
• Assurer une veille méthodologique sur les approches d'analyse de données méta-omiques
• Présenter les travaux lors de séminaires internes et, le cas échéant, de conférences