Ingénieur informatique data management EDS H/F

Description du poste

INGENIEUR INFORMATIQUE DATA MANAGEMENT DES DONNEES DE SANTE H/F CENTRE DE RESSOURCES BIOLOGIQUES DIRECTION DE LA RECHERCHE ET DE L'INNOVATION CDD 12 MOIS -TEMPS PLEIN A POURVOIR A COMPTER DU 01 JANVIER 2027 Le centre de ressources biologique (CRB) du CHU de Poitiers recrute un(e) ingénieur data souhaitant travailler sur un projet ambitieux visant à exploiter de grands volumes de données pour enrichir les données des collections biologiques à partir de l'entrepôt de données de santé (EDS). I. Présentation générale du CHU et de son entrepot de données Avec une capacité de près de 2 700 lits et places, le CHU de Poitiers est présent sur cinq sites (Poitiers, Châtellerault, Loudun, Lusignan et Montmorillon) répartis sur l'ensemble du territoire de la Vienne. Établissement de recours et de proximité, il assure ses missions de soins et de recherche pour un bassin de population qui s'étend aux départements limitrophes couvrant plus d'un million d'habitants. Le CHU est organisé en 15 pôles d'activités cliniques et médico-techniques. Le CHU de Poitiers possède un centre de ressources biologiques (CRB). Cette structure réalise les activités de réception, de conservation et de mise à disposition des ressources biologiques d'origine humaine, en particulier à des fins de recherche, de conservation du patrimoine génétique, d'éducation ou de valorisation économique. Le CRB comprend une biothèque située au sein du centre d'investigation clinique, une tumorothèque du service d'anatomie et cytologie pathologiques ainsi qu'une banque de sang placentaire située au sein de laboratoire de thérapie cellulaire de l'établissement français du sang Par ailleurs, le CHU de Poitiers a mis en place un entrepôt de données de santé (EDS) dans le cadre d'un financement de France 2030. Cette infrastructure permet aux chercheurs d'accéder à un grand nombre de données dans un espace sécurisé, dans le respect de la réglementation. De nombreuses informations médicales sont exploitées dans l'EDS, qu'il s'agisse de données structurées (diagnostics, actes, biologie, etc.) ou non structurées (comptes-rendus médicaux, observations médicales et paramédicales, courriers, etc.). Certains développements de l'EDS sont réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Limoges, dans le cadre du projet plus global EDS@NOVA. À ce jour, il n'existe pas de lien informatique structuré entre les données du CRB et celles de l'EDS, sachant que les données du CRB nécessitent d'être enrichies par des données cliniques afin d'être valorisées à travers des projets de recherche académiques et industriels. II. Poste proposé Nous cherchons un(e) ingénieur data souhaitant travailler sur un projet ambitieux visant à exploiter de grands volumes de données pour enrichir les données des collections biologiques du CRB à partir de l'EDS et à faciliter leur exploitation statistique au service des projets de recherche -Missions générales -Sous la responsabilité des coordonnateurs du CRB et de l'EDS, et en lien fonctionnel étroit avec les cliniciens responsables des collections biologiques, les principales missions seront de : -Participer au développement et à la maintenance des processus d'extraction, de transformation et de chargement (ETL) des données du système d'information vers i2b2 et OMOP, nécessaires aux besoins du CRB ; -Participer aux activités de data management des données pour les projets de recherche en lien avec le CRB (identification, structuration et intégration dans un eCRF des données de l'EDS nécessaires au projet) en coordination avec les cliniciens référents de chaque collection ; -Analyser les besoins et réaliser des développements spécifiques de traitement automatique de la langue pour les cas d'usage du CRB nécessitant de recueillir des informations mentionnées en texte libre ; -Interroger les données de l'EDS pour répondre à des études de faisabilité en lien avec le CRB. -Contribuer à l'analyse des trajectoires de santé des patients inclus dans les collections (évolution de paramètres cliniques et biologiques dans le temps, identification de la survenue d'événements de santé d'intérêt), au-delà du seul travail de structuration des données, via des approches de modélisation simple adaptées aux besoins des cliniciens. Cas d'usage prioritaires : collections du CRB L'objectif transversal est de reconstruire la trajectoire de santé des patients inclus dans les collections, de faciliter l'exploitation des échantillons biologiques associés, et ainsi de consolider les partenariats scientifiques et les candidatures aux appels d'offres nationaux et internationaux. Le poste s'appuiera en priorité sur les collections suivantes, tout en restant ouvert à d'autres collections du CRB : -Étude SURDIAGENE (1 470 patients, -50 000 échantillons : sérum, plasma, ADN) : reconstruction des pentes de fonction rénale à partir des données longitudinales de l'EDS, identification de la survenue d'événements d'intérêt cardiovasculaires e...

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