INGÉNIEUR EN EXPÉRIMENTATION ET BIO-INFORMATIQUE BIOLOGIQUES - H/F

STRUCTURE DÉLÉGATION RÉGIONALE INSERM NOUVELLE-AQUITAINE - U 1312 DIRIGÉE PAR MONSIEUR FRÉDÉRIC SALTEL

DESCRIPTION DE LA STRUCTURE

Vous souhaitez mettre vos compétences au service d'un laboratoire de RECHERCHE contre le cancer ? Rejoignez l'unité de recherche BoRdeaux Institute of onCology (BRIC) située à l'Université de Bordeaux ! Cette unité mixte de recherche a vu le jour en Janvier 2022 LABELLISÉE par l'Inserm et l'université de Bordeaux. Cette unité de recherche rassemble toutes les forces actuelles de la recherche en cancérologie, soit 260 personnes au sein de 11 équipes de recherche et 4 services communs, sous la double tutelle Inserm, Université de Bordeaux. Directement rattaché-e à l'Equipe 7 dirigée par Martin TEICHMANN vous intégrerez une équipe composée de 6 personnes. Dans ce contexte, nous recherchons un.e candidat-e avec des connaissances solides dans la biologie cellulaire et la bioinformatique pour un poste IE contractuel dans notre équipe.

MISSION PRINCIPALE

La personne recrutée aura pour mission de mettre en œuvre et optimiser la culture 3D d'organoïdes mammaires en milieu de culture de type Clevers.

ACTIVITÉS PRINCIPALES

• Réaliser des Cultures 3D d'organoïdes mammaires en milieu Clevers
• Effectuer l'Agrégation de cellules en Aggrewells et les Infections lentivirale pendant agrégation
• Réaliser l'Ensemencement d'organoïdes en dômes d'hydrogel dans plaques 96 puits
• Analyser les données de Culture en Incucyte/CellCyte
• Analyses et traitement en bioinformatiques de données Incucyte/CellCyte et transcriptomique spatiale

SPÉCIFICITÉS ET ENVIRONNEMENT DU POSTE

Ce poste sera situé dans l'équipe 7 de l'unité de cancérologie BRIC (BoRdeaux Institute of onCology) qui comprend 11 équipes de recherche. Cette unité est associé à l'UAR TBMCore et donc aux différentes plateformes technologiques qui la constituent

U1312

Bâtiment Bordeaux Biologie Santé

2 rue Hoffmann Martinot

33 000 Bordeaux

Profil recherché

CONNAISSANCES

• Connaissances en biologie moléculaire et cellulaire
• Connaissances en biologie du cancer du sein
• Connaissances en bioinformatique

SAVOIR-FAIRE

• Culture 3D d'organoïdes en milieu Clevers
• Agrégation et infection lentivirale en Aggrewells de cellules primaires
• Ensemencement d'organoïdes en plaques 96 puits et culture en Incucyte/CellCyte
• Cytométrie en flux
• Clonage moléculaire, qPCR, Western
• R/Bioconductor et Python pour bulk, single cell et transcriptomique spatiale (Seurat, scanpy, anndata, squidpy, proseg)
• Analyses d'images avec ImageJ, QuPath et Python depuis YAML en VS Code
• Linux et HPC/SLURM
• Analyse transcriptomique spatiale (Visium ou Xenium préférée)
• Analyses statistiques avec modèles mixtes
• Maîtrise professionnelle de l'anglais

APTITUDES

• Sens réel du service, de l'écoute et savoir faire preuve de discrétion
• Faire preuve de curiosité et rechercher les informations
• Capacité à s'intégrer dans un collectif et faire preuve d'esprit d'équipe
• Intégrité scientifique et rigueur

EXPÉRIENCE SOUHAITÉE

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