Ingénieur-e en calcul scientifique

L’alternant·e data scientist sera intégré·e d'une équipe de recherche  au sein de l’Institut MeLiS et contribuera activement au développement d’outils computationnels appliqués à des questions de biologie fondamentale et de neurosciences pour l’unité Melis. Le poste offre une immersion dans un environnement de recherche de pointe, au sein d’une unité mixte Inserm/Université/CNRS, et permettra à l’alternant·e de dialoguer avec des biologistes, de traduire leurs questions expérimentales en problèmes analytiques, et de mettre en œuvre des méthodes de machine learning, deep learning et d’intelligence artificielle (modèles de fondation, outils agentiques) sur des données biologiques multimodales. 

Activités principales : 

Développer des pipelines d’analyse d’images biologiques (microscopie, imagerie cellulaire et tissulaire), en s’appuyant sur des approches classiques de traitement d’image et sur des modèles de deep learning (segmentation, classification, modèles de fondation pour la microscopie)

Contribuer au traitement de signaux physiologiques, en particulier l’analyse de données d’imagerie calcique (extraction de signaux, détection d’événements, modélisation)

Analyser des données de génomique fonctionnelle, avec un focus sur le séquençage d’ARN en cellule unique (single-cell RNA-seq / single-nucleus RNA-seq) : pré-traitement, intégration multi-jeux de données, annotation cellulaire, analyse de trajectoires

Co-animer un groupe de travail transversal dédié au développement d’outils bioinformatiques à l’échelle de l’unité : organisation de sessions de partage de méthodes, mutualisation des bonnes pratiques, contribution à une culture computationnelle commune

Documenter les analyses (notebooks, rapports reproductibles) et présenter les résultats lors de réunions d’équipe et de séminaires de l’institut

Expérimenter avec les outils d’IA récents (LLMs, assistants de code, workflows agentiques) pour accélérer les analyses et la production scientifique