INGÉNIEUR BIOLOGISTE EN TRAITEMENT DE DONNÉES - EQUIPE E.DUPREZ - H/F

Description : BAP A Missions L’équipe d’Estelle Duprez, Biologie moléculaire intégrative dans les leucémies (Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrute un(e) Ingénieur(e) d’Etudes en bioinformatique pour faire de l’analyse bioinformatique de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire L’équipe développe une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l’échelle de la cellule unique sur des modèles murins et/ou des cellules de patients leucémiques pour décrypter les mécanismes liés à la leucémie. La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques des différents projets de l’équipe, elle sera amenée principalement à analyser des données de scRNA_-_seq avec un volet d’intégration multi-omics. L’objectif est d’étudier les corrélations entre les profils moléculaires et cellulaires en réponses à différents traitements afin de mieux comprendre les déterminants de la réponse/résistance thérapeutique. Activités principales

• Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données
• Réaliser le traitement des données
• Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études
• Adapter les applications informatiques aux besoins du projet Activités associées
• Encadrement et gestion de projet
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité Profil recherché : Connaissances
• Avoir de bonnes connaissances de génomique et des notions de biologie du cancer
• Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications
• Connaissance de l’environnement Linux/Unix Savoir-faire
• Maîtrise des outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés pour les analyses de données NGS (RNAseq/single-cell RNAseq)
• Maîtrise d’un langage de script (Python, Bash)
• Excellente maitrise de R
• Utilisation d’outils de versionning pour développement collaboratif (git)
• Utilisation de logiciel de conteneurisation (type docker ou singularity) Aptitudes
• Travailler avec rigueur et méthode
• Des capacités d’encadrement et de gestion de projet sont également souhaitables.
• L'activité demande un bon niveau d'anglais (écrit et oral) pour échanger sur les résultats des analyses. Spécificité(s) / Contrainte(s) du poste Expérience souhaitée
• Une première expérience en analyse NGS est souhaitée Diplôme(s) souhaité(s)
• Bac+5 / Master