Ingénieur bioinformatique en analyse intégrative de données (H/F)

Missions

La personne recrutée dans le cadre de l'ANR MachActAssembly aura pour mission de développer, mettre en œuvre et maintenir des analyses bioinformatiques pour l'exploitation de jeux de données à haut débit liés aux interactions protéine-protéine, à la protéomique quantitative aux cribles fonctionnels et aux prédictions structurales. Elle contribuera à la mise en place de pipelines reproductibles permettant d'intégrer des sources de données hétérogènes, de contrôler leur qualité, de comparer les résultats obtenus par différentes approches expérimentales ou computationnelles, et de prioriser des candidats pour des validations expérimentales. Le poste est particulièrement adapté à une personne souhaitant travailler à l'interface entre bioinformatique, biologie des protéines, interactomique, protéomique et modélisation structurale.

Activités

La personne recrutée sera amenée à :

• développer des scripts et pipelines d'analyse reproductibles pour des données biologiques à haut débit
• analyser des jeux de données d'interactions protéine-protéine issus de cribles expérimentaux
• exploiter des sorties d'outils de modélisation structurale, notamment des prédictions d'interactions protéine-protéine et de design des interfaces de complexes
• mettre en place des scores de confiance et des stratégies de priorisation de candidats

Compétences

• bonne maîtrise de Python
• connaissance des méthodes de deep learning (librairie PyTorch)
• expérience en analyse de données biologiques à grande échelle
• maîtrise d'un environnement Linux
• utilisation de Git pour le suivi de versions
• connaissances en statistiques appliquées aux données biologiques
• langue anglaise : B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), à Gif-sur-Yvette, dans un environnement fortement interdisciplinaire associant bioinformatique, biologie structurale, biologie moléculaire et analyse de données à haut débit. L'I2BC rassemble de nombreuses expertises en biologie computationnelle et expérimentale et offre un cadre scientifique particulièrement stimulant au sein du campus Paris-Saclay. Des échanges réguliers avec les partenaires de l'ANR MachActAssembly du projet seront prévus. Le poste nécessitera principalement un travail sur ordinateur avec des réunions scientifiques et techniques régulières.

Contraintes et risques

Le poste ne présente pas de contrainte particulière en dehors du travail habituel sur ordinateur.