Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS (F/H)

RESPONSABILITÉS

Laboratoire - Service

L'équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l'unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l'Institut Curie.

Le poste s'inscrit dans le projet ATTILAS ( Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas ), financé par l'ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l'intégration d'analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d'un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l'équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l'Institut Curie.

Missions

Description des activités

Analyse transcriptomique

• Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
• Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l'équipe.
• Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
• Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.

Biostatistique et biomarqueurs

• Corréler profils moléculaires et données cliniques à l'aide de modèles statistiques adaptés
• Optimiser et valider des signatures pronostiques.
• Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.

Gestion des données et valorisation

• Développer des pipelines reproductibles et documentés.
• Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
• Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
• Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.

Spécificités du poste

• Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.

PROFIL RECHERCHÉ

Formation et expérience

• Niveau et diplômes : Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistique, science des données ou discipline connexe ; ou doctorat dans l'un de ces domaines, en analyse transcriptomique
• Expérience professionnelle : au moins 2 ans d'expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit. Expérience documentée du scRNA-seq
• Connaissances attendues : RNA-seq bulk et en cellule unique, de la donnée brute à l'interprétation biologique ; méthodes d'intégration et de correction des effets de lot ; statistiques appliquées à la survie, analyses d'enrichissement fonctionnel. Connaissance de la biologie du cancer
• Atouts : déconvolution cellulaire, inférence de communication intercellulaire, analyse de données spatiales, exploitation de données de nombre de copies

Compétences et qualités requises

• Compétences informatiques : maîtrise de R, Python, bash et de l'environnement Unix ; usage courant de Git ; travail sur cluster de calcul (SLURM) ; gestionnaires de workflow (Nextflow ) et environnements reproductibles (conda, Docker, Singularity)
• Compétences linguistiques : anglais scientifique écrit et oral courant, indispensable
• Aptitudes : rigueur méthodologique et sens de la reproductibilité, autonomie dans la conduite des analyses, esprit critique sur la robustesse des résultats, capacité à dialoguer avec des biologistes et des cliniciens et à restituer des analyses complexes de façon accessible, goût du travail collaboratif

Fidèle à l'héritage de sa fondatrice, l'Institut Curie est pleinement engagé en faveur de l'égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. Nous invitons toutes et tous à postuler à nos offres. Nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap.

https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf

Informations sur le contrat

Type de contrat : CDD, niveau ingénieur d'études ou ingénieur de recherche selon le profil

Date de démarrage : dès que possible

Durée du contrat : 18 mois, renouvelable

Temps de travail : temps complet, 39 h par semaine

Rémunération annuelle : de32480€ to 39459€ selon les grilles en vigueur

Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d'entreprise

Localisation du poste : Paris

Contact

Pour postuler, merci d'envoyer CV et lettre de motivation : 18/10/2026

Date de publication : 18/10/2026...