Bio informaticien-ne (H/F)

MISSIONS

• Vos missions seront en lien avec l'IHU Everest, avec pour mission principale d'améliorer les pipelines de caractérisation des virus des hépatites B et D.
• Adapter/modifier les pipelines développés en interne VirIONT en particulier, en fonction des nouveaux besoins.
• De manière autonome, évaluer, choisir, adapter et implémenter les méthodes d'analyses répondant aux besoins biologiques.
• Pouvoir participer à la gestion des pipelines d'analyse sous une forme souple, facilement maintenable et produisant des résultats reproductibles (Nextflow, Singularity).

QUALIFICATIONS

• Etre titulaire d'un diplôme en bio informatique ou biologie computationnelle ou génomique
• Expérience d'analyse des données de NGS
• Expérience préalable en analyse de données de séquençage bactérien, viral et fongique est fortement souhaitée.
• Expérience de réponse aux besoins des non-initiés à la bio-informatique.

COMPÉTENCES

• Maîtrise des outils et environnements de bioinformatiques : langages de programmation(Unix, R, Python, bash, Nextflow), outils de traitement de séquences : (BWA, Bowtie2, SPAdes, FastQC, SAMtools, GATK..).
• Formation en microbiologie en sus de la formation bio-informatique valorisée.
• Connaissance des environnements de calcul scientifique et d'un ordonnanceur (OAR, SLURM.) appréciée.
• Aptitudes à la rédaction de méthodes et d'articles scientifiques (français et anglais).
• Connaissance en phylogénie et des bases de données publiques de génétique (RefSeq, Ensembl.) appréciée.

SAVOIR-ÊTRE

• Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
• -Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe.
• -Bonne maîtrise de l'anglais scientifique et technique.